Родился 1920 году в районе г. Можайска.
Летом 1939 года поступил на биофак МГУ, и через два месяца в ноябре был призван в Красную Армию. Горьковские, Гороховецкие лагеря, переброски по направлению Прибалтики и Молдавии и, наконец, марш-бросок в Лиду, завершившийся буквально 21 июня 1941 года. В последующие дни – окружение, попытки из него вырваться и, наконец, 6 июля – попадание в плен, вереница лагерей, из которых последним – и рабочим – был лагерь Штайерберг под Ганновером. В тех местах он и встретил свое освобождение из плена американцами.
Потом советская репатриационная миссия, Берлин, Ной-Руппин, фильтрация, на которой в качестве станции назначения он назвал Можайск (Москва была для него закрыта). Немного схитрив, он саморепатриировался – и до Москвы. Прописался он с большим скрипом, поступил сначала в Губкинский нефтяной, а потом в Тимирязевский сельскохозяйственный вузы, но от лестных предложений сотрудничать с органами упорно отказывался и в результате 19 февраля 1948 года был арестован и получил 15 лет каторжных работ (были недолгое время и такие в эти годы) – «за избиение военнопленного С. Во время нахождения в плену». Отбывать начал в Норильске, в одном из горлагов. Предпринял попытку побега, правда, неудачную. Освободился Анатолий Баканичев только в 1956 году, по хрущевской амнистии.