Родился в Москве. С раннего детства у В.Е. Флинта возникли интерес и любовь к животным. Сначала были поездки в природу, коллекционирование бабочек, аквариумы, затем террариумы с ящерицами, лягушками и ужами, на смену им пришли певчие птицы и голуби. Все это определило будущее: жизнь зоолога, изучение животных.
Когда началась война, В.Е. Флинт закончил восьмой класс. Школы закрылись, и он сначала работал шлифовальщиком, затем токарем и электриком. Пережил московские бомбежки, копал противотанковые рвы под Москвой.
В марте 1942 года был эвакуирован на Урал, а в августе призван в армию. Стал механиком — водителем танка Т-34, попал на фронт. В 1943 году контужен в подбитом танке, госпиталь и снова фронт. Войну закончил на Эльбе помощником командира взвода автоматчиков. Награжден медалью «За отвагу», орденом Великой Отечественной войны II степени.
В марте 1946 года вернулся в Москву. В 1948 году поступил на биолого-почвенный факультет МГУ. В 1953 году В.Е. Флинт окончил университет кафедру зоологии позвоночных и поступил в аспирантуру, к профессору Н.П. Наумову. В.Е. Флинт в 1959 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «О зоологических основах эпидразведки». В 1969 году перешел на должность старшего научного сотрудника орнитологического отдела Зоомузея МГУ. Поступив в музей, В.Е. Флинт безвозмездно передал в музей ценнейшую оологическую коллекцию из более 800 кладок, многие из которых впервые были представлены в мировых коллекциях. Эта коллекция В.Е. Флинта послужила основой фундаментальной оологической коллекций Зоомузея. В 1972 году успешно защитил докторскую диссертацию на тему «Пространственная структура популяций мелких млекопитающих». Позже, в 1977 году, она была опубликована под тем же названием отдельной монографией в издательстве «Наука» АН СССР.
Работа в Зоологическом музее была одним из самых плодотворных периодов в научной биографии В.Е. Флинта: за 6 лет он написал и частично опубликовал более б60 статей и книг. В 1976 году он перешел на должность заведующего отделом охраны животного мира в Центральную лабораторию охраны природы Минсельхоза СССР (позже — Всесоюзный научно-исследовательский институт охраны природы). В этом институте В.Е. Флинт работал до последних дней своей жизни. Центральный стержень его научных исследований в этот период- сохранение редких видов животных — инвентаризация, законодательная охрана, создание зоологических питомников. В.Е. Флинт — один из авторов и редакторов Красной книги СССР (1978, 1982), Красной книги РСФСР (1983), Красной книги Российской Федерации (2001) и Красной книги Москвы (2001). Он автор проекта закона СССР «Об охране и использовании животного мира», который декларировал принципиально новые юридические нормы, был одобрен и введен в действие постановлением Верховного Совета СССР с 1 января 1981года
Он автор более 650 публикаций, включая научные монографии и статьи, полевые определители, учебные пособия для ВУЗов, научно-популярные очерки и книги для детей. Особую научную ценность представляет монография «Стратегия сохранения редких видов в России: теория и практика» (2000). В ней обоснована концептуальная модель процесса деградации биологических видов под влиянием антропогенных воздействий и предложена стратегия блокирования лимитирующих факторов. Эта концепция легла в основу национальной стратегии сохранения редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животных.
Под руководством и при духовной поддержке В.Е. Флинта защитили кандидатские и докторские диссертации более 50 молодых ученых из научных институтов, заповедников, охотничьих хозяйств. общества испытателей природы, долгое время был ведущим популярной телепрограммы «В мире животных».
