Родился в 1923 году в Москве.
В 1941 году после окончания средней школы в октябре-ноябре находился на трудфронте на оборонительных работах. В феврале 1942 года был призван в ряды Красной Армии и направлен в артиллерийское училище, по окончании которого Е.К. Исаеву было присвоено звание лейтенанта. С сентября 1942 года находился на Сталинградском фронте, с февраля 1943 года – на Центральном фронте, присвоено звание старшего лейтенанта. В 1944 году был тяжело ранен. Награжден орденом Красной Звезды, медалью «За оборону Сталинграда».
Поступил на биофак в 1945 году, окончил кафедру дарвинизма и генетики в 1950 году.
