Родился в 1912 году, москвич.
Поступил на биофак МГУ в 1933 году. С отличием закончил кафедру зоологии позвоночных и был принят в аспирантуру. «За выдающиеся успехи по изучению биологии птиц» получил именную стипендию. Рано сформировался как исследователь с широким кругозором. 02.07.1941 году он блистательно защитил кандидатскую диссертацию по экологии колониальных чистиковых птиц, которая согласно мнению ученого совета соответствовала уровню докторской, а ему прочили судьбу большого ученого. После защиты был назначен заведующим научной работой в Клязьминском заповеднике.
В начале октября 1941 года был призван в армию как офицер запаса, был назначен адъютантом батальона одного из стрелковых полков. В ночь с 3 на 4 февраля 1942 года часть, где служил Кафтановский участвовала в боях в Смоленской области. Юрий Михайлович был смертельно ранен. Похоронен на месте боя.
