Родился в Саратове в семье потомственных интеллигентов. Затем семья переехала в Москву.
В 1941 году Д. Панфилов окончил школу и был призван в армию.
После окончания артиллерийского училища отправляется на фронт. Участвовал в знаменитой битве на Курской дуге (его имя отмечено на памятной доске Церкви в Прохоровке), операции по форсированию Днепра.
Панфилов – кавалер орденов Отечественной войны I степени и Красной звезды. В 1944 году после серьезного ранения демобилизовался. Лишился нескольких пальцев на правой руке, выучился писать и отлично рисовать левой рукой.
На биологический факультет поступает в 1944 году, а в 1949 году окончил кафедру энтомологии. Затем была аспирантура, в 1952 году — успешная защита диссертации.
Стал известным энтомологом, зоогеографом, специалистом по перепончатокрылым насекомым. Работал в Зоологическом музее МГУ, в лаборатории биогеографии Института географии АН СССР, в Палеонтологическом институте АН СССР, а затем снова в Институте географии – вплоть до самой смерти. Автор более 150 публикаций и четырех монографий.