Родился в 1911 году в Казани. Рос в интеллигентной семье, отец его был профессором МГПИ.
В семье Андрею привили любовь к искусству и литературе. С детства увлекался биологией, занимался в КЮБЗе при зоопарке. В 1931 поступил на биофак. Закончил в 1936 году кафедру генетики. Его дипломная работа «Генетика окраски соболя» получила отличную оценку. А.Л. Пономарев был талантливым и многообещающим генетиком, полностью отдавал себя любимой науке.
Но война прервала его научную деятельность.
В 1943 году пропал без вести.
