Родился в 1918 году в Башкирии. Детство и школьные годы прошли в гг. Челябинске, Петропавловске (Северо-Казахстанская область). Интерес к природоведению проявился в школе.
В 1935 году поступил на биологический факультет,в 1941 году окончил кафедру геоботаники МГУ.
2 июля 1941 года ушел добровольцем на фронт. Алексей Иванович воевал на Калининском фронте, получил ранение. После выздоровления — снова на передовую. В боях за г. Ржев попал в окружение, опять тяжелое ранение и плен. Считался погибшим, но выжил в лагерях для военнопленных (Саласпилс, Рига, Кенигсберг). После освобождения, снова передовая, теперь на Белорусском фронте. При штурме Кенигсберга — третье тяжелое минометное ранение. В октябре 1945 г. старший лейтенант А.И. Шретер демобилизован из рядов Красной Армии по инвалидности.
За участие в Великой Отечественной войне А.И. Шретер был награжден орденами «Красная Звезда», «Отечественная война II степени», боевыми медалями.
В 1946-1948 гг. А.И. Шретер продолжил учебу в аспирантуре МГУ. С 1949 года Алексей Иванович начинает работать в ВИЛАРе. Вся его научно-исследовательская деятельность посвящена мобилизации флоры СССР для поиска лекарственных растений, обладающих нужной медико-биологической активностью, оценке их сырьевой базы и создания на их основе фитопрепаратов. Опубликовано лично и в соавторстве 450 научных работ.