Родился в Санкт-Петербурге.
В 1916 году поступил на Естественное отделение Физико-математического факультета Московского университета. С 1920 года по окончании университета был оставлен при кафедре зоологии профессора Г.А. Кожевникова для подготовки к профессорскому званию. С тех пор Е.С. Смирнов непрерывно работает в Московском университете, занимая должности хранителя Зоологического музея, ассистента, старшего научного сотрудника НИИ зоологии МГУ, профессора, заведующего кафедрой энтомологии (1940-1972 г.г.).
Награжден медалью «За доблестный труд в годы Великой Отечественной войне 1941-45гг.».
